Le peuplement des atolls des Tuamotu s’est effectué vers 100 de notre ère par des populations polynésiennes provenant des Tonga et Samoa. Ils durent apprendre à apprivoiser cet environnement hostile et commencèrent une agriculture basée sur les tubercules et continuèrent à pratiquer la pêche hauturière et lagonaire.

Fakarava fut révélé aux occidentaux dans le cadre des missions hydrographiques russes effectuées en Polynésie centrale à l’époque post-napoléonienne (1816-26) par Bellingshausen.
L’atoll fut évangélisé par le R.P. Laval en 1849. Selon R.P Hodée, c’est à Fakarava que fut bénie la première église le 28 mars 1850. L’administrateur civil des Tuamotu y résidait à la fin du XIXème siècle et l’on tenta de faire de Fakarava un chef-lieu des Tuamotu.

Avec l’arrivée des missionnaires, le système agraire traditionnel, basé sur la culture du taro et du ape dans de profondes fosses proche de la lentille d’eau douce, fut remplcée par l’exploitation de la cocoteraie inexistante aux Tuamotu auparavant. La monoculture du cocotier qui aura changé le paysage de Fakarava et des atolls des Tuamotu fit rentrer les paumotus (habitants des Tuamotu) dans l’économie monétaire de part la vente du coprah, noix ce coco sèche, aux usines de fabrication de l’huile de coprah à Tahiti, rentrant dans la composition du monoi.

Aujourd’hui Fakarava est le chef-lieu de 471 habitants (1996). Ils vivent de l’exploitation du coprah, de l’élevage des nacres et de la perliculture, du tourisme et de la pêche.

Cet atoll protégé fait partie avec ses îles voisines, dont initialement Taiaro, d'une réserve de biosphère classée par l'Unesco, ce qui témoigne de la richesse de l'écosystéme des ces atolls : faune et flore particulièrement rares.